海底是由一系列断层和褶皱所形成的结构盆地，突出于海面的部分构成岛弧，即海盆的边界。
它们形成南北长2,900公里(1,800哩)、东西宽2,400公里(1,500哩)的海域，面积1,000,000平方公里(40,000平方哩)，约占整个太平洋的3%。平均水深6,000公尺(19,700呎)菲律宾海位于赤道和北纬35°之间，地处两大岛弧之间，海底是由一系列断层和褶皱所形成的结构盆地，突出於海面的部分构成岛弧，即海盆的边界。海底地形复杂，具有岛弧、海盆、海底高原、海岭、海山、海台、海丘、海沟、海槽、裂谷等地貌形态，除周围岛弧外，露出海面成为岛屿的很少，只有西北部的北大东岛、南大东岛、冲大东岛等。平均水深4100米，在第一岛弧以东达到最大深度，即10830米深的菲律宾海沟。九州－帕劳海岭在海域中线呈南北走向贯穿整个海区，长约1500海里，由断续的海山组成，将菲律宾海盆分成东西两个海盆，东面的马里亚纳海盆稍浅，称马里亚纳海盆，该海盆又被中部及南北走向的海岭分为三个小海盆，分别是东马里亚纳海盆、西马里亚纳海盆和北部的四国海盆。西面的海盆为菲律宾海盆，深而广阔，最深达7559米，其西南为菲律宾海沟。 ，在岛弧以东达到最大深度，即10,546公尺(34,578呎)深的菲律宾海沟。